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種原保存及人工生殖技術之推廣
我國有相當豐富的畜禽品種需要利用生物技術(如精液和卵子冷凍、胚冷凍等)來全面性地進行種原保存工作，並透過人工授精和胚移置等生殖工程技術以加速品種改良，並降低生產成本。本主題之直接產值為1億元。
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開發具巿場高附加價值之肉類產品
開發國人喜愛之豬、雞、牛、羊、鴨、鵝的優質肉品，應能與歐美產品抗衡；加強分子育種科技之研發；建立明顯性狀之基礎與參考畜群以供育種標記之研發，和利用基因轉殖與複製科技以掌握特殊性能之畜禽種原，如此應可在降低生產成本之餘，求得較高之附加價值。本主題之直接產值為2億元。
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利用基因轉殖和複製動物技術改進畜禽品種
目前國內正由動物科技研究單位研發多種基因轉殖畜產動物(如豬、牛、羊等)，期能改善動物之抗病和抗熱性能，產生新品種；然而研發人力和經費之投入尚有不足。2002年已成功產出複製牛、羊和豬，至此我國之基因轉殖複製家畜之科技已與先進國家相當。未來發展重點在於確定研究成果要移轉至產業界利用，因此尚有相當多環境建構和產業發展策略需要努力。本主題之直接產值為2億元。
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開發快速檢測重要傳染病原和添加物之多功能免疫測試產品
開發重要動物傳染病原(如口蹄疫及藍耳病等)和飼料添加物(如抗生素和受體素等)的快速檢測DNA和蛋白質／抗體晶片或感測試劑已是生物技術重要的主題，若能開發多功能、快速，且經濟方便之測試產品，對於檢疫、防疫和肉品衛生安全將有重大貢獻。本主題之直接產值為0.5億元。
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以基因體和蛋白體之創新技術開發畜產及生醫產品
人類和多種經濟性作物基因體序列皆已陸續解讀，我國牧業領域重點產業(如豬、雞等)皆具有世界性和本土性之特色，政府應選有利我國牧業領域並能與生物醫學研究題材互相配合之主題(如豬之早期胚發育及肝臟再生機制等)，以功能性基因體和蛋白體之創新技術，切入生命科學之尖端利基點，以擴展生物技術創造智慧財產之有利影響，如此將能由基礎面解決應用性及產業問題。本主題之直接產值為2億元。
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利用基因轉殖和複製動物生產高價值蛋白質
利用基因轉殖和複製牛、羊和豬當作生物反應器，生產醫藥用、研究用、民生及環保工業用的蛋白質有量大、活性佳及成本低的優勢。我國已有此兩種技術平台，現正由我國動物科技研究單位進行經濟部科技專案計畫，一旦結合正趨成熟之藥品查驗體系和例行量產運作，即可在生物技術領域產生相當大的效益，對於地小人稠且熟於動物科技之我國研發團隊應是相當有利之切入點。本主題之直接產值為2億元。
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研發異種器官移殖體
由於豬的組織和器官(如心臟、肝臟等)生理以及血行力學與人體類同，作為理想之器官供應物或替代物已是全世界生物醫學界的共識，我國動物科技研究單位的異種器官研究已有五種抗排斥的基因轉殖豬產生，目前正邁向臨床前動物實驗項目。另外由產、學、研各界所合作研發的細胞工程、組織工程和人工臟器產品(如人工肝等)，也正積極透過技術轉移和國際合作機制進行產品開發，未來將有可觀的成果。本主題之直接產值為2億元。
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畜產品開發及其利用
豬皮膚可用來開發豬皮敷料、豬皮基質、人皮替代物以及膠原蛋白等，這些技術在我國均已成熟。另外如利用豬血純化免疫球蛋白作為免疫增強添加劑時，當可提升畜產品附加價值，對畜牧業的轉型和升級將有相當助益。本主題之直接產值為1億元。
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開發生物製劑和健康食品
利用微生物(如枯草桿菌、乳酸菌和酵母菌)和基因工程改善之轉殖動物(如豬、牛、羊)生產乳汁和其他體液(如血液、精液)皆可用來改善動物免疫力，促進生長性狀，或可直接由人類使用作為機能性食品和美容用品，以促進人類福祉。本主題之直接產值為2億元。
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科技推廣體系之建立與發展
生物技術產業的建立除技術與產品的開發為核心成分之外，科技推廣體系的建立也為產業發展的必要配套措施，諸如各項研發儀器、設備和工具的提供和服務、科技智權之策略研究、設定與維護、高科技技術之引進及授權業務、高科技畜產公司之育成與投資營運策略研究、人才培育與國際合作交流事項等皆需整體配合，才能有效展現畜產生物技術上、中、下游的整體實力。本主題之直接產值為0.5億元。
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