Set Ambient
| 語法:
|
set ambient {<value>} |
|---|
RasMol 的
ambient
參數是用控制螢幕上環境光線的強弱。
ambient 值的大小介於 0 到 100 之間,
控制物體最暗部份的光線強度，
即是模型分子背光部份的光線強度，
或是模型分子距離我們最遠部份的光線強度。
由於不同的顯示器其gamma 值 (即亮度) 不同，
這個參數通常是用來
修正所顯示之影像的明暗度, 改變鐵絲網狀模型或綵帶模型的遠近深淺感覺。
Set Axes
| 語法:
|
set axes <boolean>
set axes on
set axes off |
|---|
RasMol
axes
參數控制圖形中, 正交座標軸的顯示。 座標軸是根據分子座標檔案所得，
座標原點是在分子格子的中央。
set axes 指令與
set boundbox 及
set unitcell
類似， 後二者的作用分別是分子邊界格子，以及結晶學中單位晶格的顯示。.
座標軸顯示時， 會分
別以ｘ、 ｙ、 ｚ， 來標示軸的方向， 其所在位置即為軸之正向。
Set Backfade
| 語法:
|
set backfade on
set backfade off
|
|---|
將漸層的陰暗效果設為背景顏色， 以取代預設的黑色。
"set backfade on" 及 "set backfade off" 指令分別啟動、 取消這個設定。
例如利用這個設定就能使模
型中遠的部份， 慢慢變白， 而不是如預設的慢慢褪成黑色。
Set Background
| 語法:
|
set background {<colour>}
|
|---|
RasMol
background
參數是用來設定圖形視窗中背景的顏色。
顏色的指定， 可直接利用顏色名稱， 或
RGB
的表示法 (參考 colours
指令)。
在指令視窗中， 輸入
help colours
指令， 即可得到 RasMol 程式可接受的顏色名稱。
此外， 若是在ｘ視窗下執行 RasMol， 亦可使用 ｘ 伺服機顏色庫的顏色。
set background
指令與 background.
指令功能相同。
Set BondMode
| 語法:
|
set bondmode and
set bondmode or
|
|---|
RasMol
set bondmode
指令是用以控制鍵結選取的模式。
當使用
select
及
restrict
指令時， 某一特定鍵結是否會被選取， 是由所連接的原子及鍵結模式所決定。
一個鍵結被選取有兩種情況：
1) 當鍵結模式是
or 時， 要鍵結兩端任一原子被選取， 鍵結即被選取；
2) 當鍵結模式是
and 時，
需兩端原子皆被選取， 鍵結才被選取。
因此當要選取某一特定的鍵結時， 可使用
"set bondmode and" 指令， 然後再選取兩端的原子，
即可指定該鍵結。
Set Bonds
RasMol 的
set bonds
指令控制雙鍵、 三鍵等的顯示。 鍵結級數可由 MDL MOL 檔案、
Sybyl Mol2 格式檔案、 Tripos Alchem 格式檔案， 以及
一些適當的 Brookhaven PDB 檔案讀取。
在 PDB 檔案中， 雙鍵 (或三鍵) 的資訊，
是在 conect 欄位中， 重複某一鍵結兩次
(或三次)。 "set bonds on" 指令會顯示不同的鍵級，
而 "set bonds off" 則取消這個功能。
相關資訊， 可參考
FAQ。
Set BoundBox
| 語法:
|
set boundbox <boolean>
|
|---|
RasMol
boundbox
參數控制是否顯示視窗中分子模型的格子，
分子結構格子與座標檔案的座標軸正交。
set boundbox
指令與
set axes
及
set unitcell
類似， 後二者分別顯示座標軸及結構晶格。
Set Cartoon
| 語法:
|
set cartoon <boolean>
set cartoon <number>
|
|---|
利用卡通圖示來表現分子模型，
其中 beta 摺疊的碳端將以箭頭來表示。
這樣的表示法是以
set cartoons
指令來啟動或取消。 分子模型卡通圖示的深度， 亦可由
set cartoons 來調整，
當 set cartoons 指令後面不接任何參數時，
將會使選項恢復預設值。
Set Display
| 語法:
|
set display selected
set display normal
|
|---|
這個指令控制 RasMol 的圖形顯示模式。
set display normal, 是 RasMol 的預設模式，
由使用者決定利用何種圖形表示法來顯示模型；
而
set display selected 指令則會暫時進入另一個顯示模式，
所有被選取的原子以黃色表示， 未被選取的原子是藍色，
而背景顏色也改為灰色，
原來所設定的 顏色及 模式表示法 在恢復正常模式後，
仍然有效。 事實上， 這個指令通常只是用於外
在的圖形使用界面。
Set HBonds
| 語法:
|
set hbonds backbone
set hbonds sidechain
|
|---|
RasMol 的
hbonds 參數是用以決定氫鍵的顯示的形式。
set hbonds sidechain 指令，
是連接氫鍵的 提供者 及 接受者 之間的 鍵結；而
set hbonds backbone. 則是
連接蛋白質主幹中的 alpha 碳， 或是核酸主幹的磷原子。
真正控制氫鍵顯示的是
hbonds 指令。
當以主幹 (backbone,)、
綵帶 (ribbons)， 或
線股 (strands) 等
的模型表示法來顯示分子時，
連接蛋白質 alpha 碳， 或核酸間磷原子的
氫鍵， 尤其顯得清楚有用。 這個參數與
RasMol
ssbonds
參數類似。
Set FontSize
| 語法:
|
set fontsize {<value>}
|
|---|
RasMol 的
set fontsize
指令是用以控制原子標記的字型大小。
其後所接之參數
值是字型高度的點數值 (pixels) ， 預設值為 8， 而最大可至 32。
而要在視窗中顯示原子標記， 要利用 RasMol 的
label
指令。 若欲改變標記的顏色， 可用
colour labels
指令。
Set Hetero
RasMol 的
hetero
參數， 可修改 RasMol
select
指令的預設作用
(亦即當 select
不接任何參數時的作用)。
當 hetero 的值為.
false 時，
所選取的部份不包括環境異質分子的原子 (參考預設集合
hetero)；
若其值為
true, 時，
預設的
select
指令會包括環境分子。
這個參數與 RasMol
hydrogen
參數類似， 後者決定是否將氫原子包含於預設集合中。
如果當 hetero
及 hydrogen
兩個參數都為 true 時，
如果 select 指令
後面沒有其他任何參數， 此時便相當於
select all。
亦可參考 群組顏色表示法
(group colour scheme)，
其亦會受到 hetero 參數的影響。
在圖形視窗中， RasMol 的
選項 (Options) 選單中的 hetero Atoms 選項，
亦可用來設定 hetero 參數。
Set HourGlass
| 語法:
|
set hourglass <boolean>
|
|---|
RasMol
hourglass
參數， 可啟動（或 取消）
使用 沙漏指標 來表示程式目前正在工作中。
set hourglass on
指令， 可啟動此表示法； 而
set hourglass off
指令則取消這樣的作用。 這個指令在分子模型旋轉，
或程式執行一連串指令集的指令時， 或執行程式間複雜的指令時， 尤其有用，
因為在這些時候， 一個一直閃爍的指標， 是不方便模型檢視的。
Set Hydrogen
Syntax: set hydrogen <boolean>
RasMol
hydrogen
參數可用以修改 RasMol
select
指令的預設作用， 亦即其後不接任何參數時的作用。
當其值為 false 時，
select
所選取的部份不包括氫或其同位素 (參見預先設定集合
hydrogen)；
若其值為
true，
選取的部份將包括氫原子。
這個參數與 RasMol hetero
參數類似， 後者決定是否將環境異質分子包含於預設集合中。
當
hydrogen 及
hetero
皆為 true 時， 不接任何參數的
select
指令， 相當於
select all。
Set Kinemage
| 語法:
|
set kinemage <boolean>
|
|---|
RasMol
set kinemage 指令控制著
write kinemage
指令所產生輸出檔的資料的詳細程度， 這個輸出檔將用於
David Richardson 的 Mage 程式。
set kinemage false 是預設值，
僅儲存目前所顯示的模型； 而
set kinemage true
則會儲存較複雜的資料， 包含鐵絲網及主幹等模型， 以及座標軸、
分子格子、 晶格等。
Set Menus
RasMol
set menus 指令， 用以顯示圖形視窗上的指令選單列。
Set Monitor
| 語法:
|
set monitor on
set monitor off
|
|---|
控制 距離顯示標記 (distance monitor labels)。
set monitors off 指令取消標記顯示，
set monitors on 指令顯示標記。
Set Mouse
| 語法:
|
set mouse rasmol
set mouse insight
set mouse quanta
|
|---|
RasMol
set mouse 指令可指定滑鼠各按鍵所對應的 轉動、
移動、 放大等操作。
預設的對應是 rasmol 滑鼠操作， 適用於只有
兩個鍵的滑鼠 (如有三個鍵,則中間與右鍵功能相同)：
左鍵控制 x 及 y 方向的轉動， 右鍵控制 x-y 平面上的移動。
其他的功能， 則需利用鍵盤上的特定鍵來輔助。 [Shift] 加上左鍵，
可放大縮小分子模型； [shift] 與右鍵， 是控制z軸的轉動。
而 [control] 加上左鍵， 則是控制分子模型的剖切面。
而
insight
and
quanta
參數則是分別根據這兩
個軟體， 來設定滑鼠操作的對應。
Set Picking
| 語法:
|
set picking on
set picking off
set picking none
set picking ident
set picking distance
set picking monitor
set picking angle
set picking torsion
set picking label
set picking centre
|
|---|
set picking 系列指令， 會影響滑鼠點選螢幕上分子模型時，
程式之反應。
原子選擇的啟動與取消
利用滑鼠點選一個原子， 可顯示其標示，
並在指令視窗中列出其單位名稱、 單位編號、 原子名稱、 原子序號、
以及那一條鏈等訊息。
這個作用可用
set picking none 來取消， 要再恢復則用
set picking ident 指令
在 RasMol 指令集中， 執行 pause 指令時， 常用
set picking off
指令來取消原子標示， 以免在指令集暫停狀態下， 產生訊息混淆的情形。
距離、 角度與扭轉角度測量
利用下面的指令可分別測量距離、 角度與扭轉角度：
set picking distance
set picking monitor
set picking angle
set picking torsion
在上面各測量模式下，
每次選按一個原子， 即會於指令視窗中顯示該原子之資訊。
此外， 在距離模式下， 每選取兩個原子， 即會顯示其距離； 而在角度模式下，
每三個原子即會顯示其間之角度； 在扭轉角度模式下， 每四個原子便會顯示扭
轉角度。
若按著 shift 鍵， 來選按原子， 各模式下的計數器不會增加。
如此， 可用此方法，測量連續原子與一個固定原子間的距離。
至於如何控制距離顯示線、 標記等， 可參考
monitor 指令。
利用滑鼠標記原子
滑鼠之點選可用以 顯示/取消 原子之標記。
RasMol set picking label
指令會刪除一個被點選原子上的標記，
若原子並未被標記， 則會顯示原子之標記。
利用滑鼠選取旋轉中心
利用 RasMol
set picking centre (或 set picking center)
指令， 點選分子中的原子為旋轉中心， 其後之轉操作， 將以此原子為中心。
Set Radius
RasMol
set radius 指令， 根據
solvent
參數的值， 控制
dots 指令之表現。
當
solvent
參數為 false 時，
radius 的值影響
dots 指令
產生以原子凡得瓦半徑所得之表面。
當
radius 不為 0 時， 其值便用來替代原子的凡得瓦半徑。
而當
solvent
參數為
true 時， radius 的值即決定了探測球
(即溶劑) 之半徑。
radius 的值為整數值 (RasMol 單位)，
或是包含小數點的數值 (以埃為單位)。
radius 的預設值會隨
solvent 值而改變；
改變
solvent 參數會重新
將 radius 設定為相對的預設值。
Set Shadow
RasMol
set shadow
指令是用以啟動或取消模型影像的光線效果，
目前僅有空間填滿模型可以顯示陰影效果。 注意， 啟動陰影效果會
自動執行
slab off.
指令， 取消 ｚ 軸的剖切面的作用。
對一個中等大小的蛋白質， 光線效果的調整， 約需１０秒。 因此在進行分子
模型的各項操作， 如轉動、 移動等時， 最好不要啟動光線陰影效果，
等到決定所要的分子檢示角度， 再加上光線效果。
Set SlabMode
| 語法:
|
set slabmode <slabmode>
|
|---|
RasMol slabmode 參數是用以控制 空間填滿模型 原子
的剖切面表示法。
分子圖形表示中的 鍵結、 卡通模型、 綵帶， 以及 線股 等，
是屬於 reject 模式 (見下面說明)， 不受剖切面作用之影響。
slabmode 參數值有
reject (鍵結 及 卡通圖示的 預設值)、
half、
hollow、
solid (所有空間填滿原子的 預設值)， 及
section等。
RasMol 的任何一種剖切面模式， 都不是真正的剖切面，
亦即有一定厚度的橫切片。 真正的橫切片 (如 MAGE 剖切面模式)
是去掉兩個剖切面前後的部份， 中間所夾的部份。
- reject：
原子及鍵結是整體呈現的。
原子或鍵結被剖切面穿過的，將不顯示。
卡通模型、 綵帶， 及線股等則是切除剖切面之前的模型部份。
除了空間填滿模型原子外，都是這種模式。
- half：
被剖面切到的空間填滿原子， 其在剖面之後的部分， 僅呈現前半中空球。
因此， 你可以從這些原子所形成的
圈圈， 看到後面的其他原子。
- hollow：
被剖面切到的空間填滿原子， 在剖面之後的部分， 是以中空的球面來表示。
因此， 你可以看到原子模型的內面，
或是其他與之相交 (鍵結) 的原子。
- solid：
空間填滿原子如被剖切面穿過， 則以一有橫切面實心球來表現，
這是 空間填滿模型原子的預設值。
- section：
顯示出被剖切面切過的原子的平面， 在此平面以上以下的
原子都不顯現。 這個平面是一個零厚度平行於螢幕的平面。
Set Solvent
| 語法:
|
set solvent <boolean>
|
|---|
RasMol 的
set solvent 指令是控制
dots 指令的作用，
使其產生分子的凡得瓦表面 或是溶劑接觸表面。
在改變 solvent 參數的同時，
也會自動重新設定
radius 參數之預設值。
set solvent false (預設值)
會產生以原子凡得瓦半徑所得之表面， 並且將
radius
the default value, indicates that a Van der Waal's surface
should be generated and resets the value of
radius 參數重設為 零；
set solvent true 則是將顯示
`Connolly' 或 `Richards' 的 溶劑接觸表面，
同樣的，
radius 參數也將重設為
1.2 埃 (即 300 RasMol 單位)。
Set Specular
| 語法:
|
set specular <boolean>
|
|---|
RasMol
set specular
指令可以啟動或取消光線照在物體上反光效果。
這個效果是利用一個估計函數所計
算出來的。
反光的強度是由反光係數所決定， RasMol
set specpower
指令，
可用以改變此係數。
Set SpecPower
| 語法:
|
set specpower {<value>}
|
|---|
specpower 參數可決定物體反光的強度。
光效果則是用
set specular 指令
來控制啟動或取消。
specpower 參數值為介於 0 和
100 間。 20 或 30 左右的值， 會產生的類似塑膠表面的感覺；
值愈大表面會如金屬般閃耀，
值愈小則愈暗淡。
Set SSBonds
| 語法:
|
set ssbonds backbone
set ssbonds sidechain
|
|---|
RasMol
ssbonds 參數是用以決定雙硫鍵是介於支鏈的硫原子之間
(預設值)， 或是介於主幹中 cysteine 單元的 alpha 碳原子之間。
而雙硫鍵的表現與否， 則是由
ssbonds 指令所控制。
接 alpha 碳的雙硫鍵， 通常是用
於主幹模型 (backbone)、
綵帶模型 (ribbons)，
或是線股模型 (strands.)
表示法中。 這個參數與 RasMol 的
hbonds
參數類似
Set Stereo
| 語法:
|
set stereo on
set stereo off
set stereo <boolean>
|
|---|
RasMol
stereo 參數控制立體檢視左右兩個影像的角度差。
兩個並列分子圖形的角度,
可以
set stereo [-] <number>
指令來設定， 正的值是以
crossed eye 檢視， 而負值是以
wall eye 檢視。
Set Strands
| 語法:
|
set strands {<value>}
|
|---|
RasMol
strands
參數決定蛋白質的線股模型表示法中， 平行股線的數目。
可接受的數目為 1、 2、 、3 4、 5(預設
值)， 及 9。 一旦設定， 模型中所有的股線數目都一樣；
但線股綵帶的寬度 (即線股間的距離)， 則可分別利用
ribbons
指令，
來調整每個單元的寬度。
Set Transparent
| 語法:
|
set transparent on
set transparent off
|
|---|
RasMol write gif <filename> 指令，
可產生透明背景的 GIF 檔。
這是由
set transparent on 及
set transparent off 指令來控制。
Set UnitCell
| 語法:
|
set unitcell <boolean>
|
|---|
RasMol
unitcell 參數控制是否於圖形視窗中顯示結構之晶格。
晶格的顯示，
只有在 PDB 檔案中， 含有適當的晶格對稱訊息時才有效。
RasMol
show symmetry
令會顯示晶體對稱群、 晶格座標軸等訊息。
set unitcell 指令
與顯示正交座標的
set axes 指令
及顯示分子格子的
set boundbox 指令類似。
Set VectPS
RasMol
vectps 參數是用以控制 RasMol 的
write 指令產生向量
PostScript 輸出檔的方式。
set vectps on 會在球形及圓柱棒外加框，
產生高解析的卡通圖示。
但如果球與球相交時， RasMol程式目前並不能正確地加框，
因此加框的作用最好僅用於球棍模型。
可利用
set vectps off (預設值) 來
取消加邊框效果。
Set Write
RasMol
set write 指令可 啟動 (或取消) 在指令集中使用
save 或 write 指令。
其預設值為 false， 以避免在開始的指令集中產生檔案
(例如由 WWW 瀏覽器所啟動)。
如要產生動畫， 則可在 RasMol 啟動後， 鍵入
set write on 指令，
然後再執行指令集來產生每個動畫圖形。
| 