• cpk
• amino
• chain
• group
• shapely
• structure
• temperature
• charge

• user (原子的顏色表示)
• hbond type (氫鍵的顏色表示)
• electrostatic potential (點表面的顏色表示)

下面所列的是 RasMol 預設的顏色， 與其對應的RGB 值：

預設顏色名稱	RASMOL-RGB值	HTML-RGB值
black	[0,0,0]	00 00 00
white	[255,255,255]	FF FF FF
blue	[0,0,255]	00 00 FF
green	[0,255,0]	00 FF 00
red	[255,0,0]	FF 00 00
yellow	[255,255,0]	FF FF 00
magenta	[255,0,255]	FF 00 FF
cyan	[0,255,255]	00 FF FF
orange	[255,165,0]	FF A5 00
redorange	[255,69,0]	FF 45 00
violet	[238,130,238]	EE 82 EE
purple	[160,32,240]	A0 20 F0
greenblue	[46,139,87]	2E 8B 57

* RGB 所代表的是 紅(Red)、 綠(Green)、 藍(Blue)。 RasMol 的 'color' 指令是採用十進位的 RGB 值， 而在 HTML 中所用的是十六進位的 RGB 值， 例如，
<font color="#8F8FFF">Nitrogen</font>
會有這樣的效果： Nitrogen。

下面是一個用 HTML 寫的 CPK 顏色表， 可以置於 Chime 顯示旁， 用以方便參考說明。

C H O N S

選按 "單獨 CPK 顏色表"， 你可以接著檢視原始檔， 把 HTML 程式放進你的文件中。

如果你常會用到某些不是 RasMol 預設的顏色， 你可以寫一個一行的指令集定義這個顏色。 例如， 如果你有一個檔案 (grey.spt)， 如下

colour [180,180,180] #grey

script grey.spt 指令， 便會將目前所選取的原子集合表示為灰色。

Amino 顏色表示法 RasMol 裡 amino 顏色表示法 是依照傳統胺基酸性質 來指定胺基酸顏 色。 這個顏色表示法主要的目的是找出任何處於不尋常環境的胺基酸。 位在蛋白質的外層， 具有極性的胺基酸是採用明亮的顏色； 沒有極性的胺基酸單元，則是採用較暗的顏色。 這個顏色表示法與 shapely 顏色表示法 類似。 各胺基酸的顏色選擇， 僅是一些長久以來的習慣用法， 詳列如下： 胺基酸單元   顏色   RGB (十進位)   RGB (十六進位)   ASP GLU bright red [230,10,10] E6 0A 0A LYS ARG blue [20,90,255] 14 5A FF PHE TYR mid blue [50,50,170] 32 32 AA GLY light grey [235,235,235] EB EB EB ALA dark grey [200,200,200] C8 C8 C8 HIS pale blue [130,130,210] 82 82 D2 CYS MET yellow [230,230,0] E6 E6 00 SER THR orange [250,150,0] FA 96 00 ASN GLN cyan [0,220,220] 00 DC DC LEU VAL ILE green [15,130,15] 0F 82 0F TRP pink [180,90,180] B4 5A B4 PRO PCA HYP flesh [220,150,130] DC 96 82 Chain 顏色表示法 RasMol 的 chain 顏色表示法， 將每一條分子鏈指定一個特別的顏色。 主要是用以分別多分子結構， 及 DNA 分子中個別的螺旋股。 CPK 顏色表示法 cpk 顏色表示法是根據 Corey, Pauling 及 Koltun 等人 發展的塑膠分子模型。 每種原子有其特定的顏色， 這是化學家較常用的顏色表示法。 下面便是各種原子顏色的表列： 元素 顏色 RGB (十進位)   RGB (十六進位)   Carbon light grey [200,200,200] C8 C8 C8 Oxygen red [240,0,0] F0 00 00 Hydrogen white [255,255,255] FF FF FF Nitrogen light blue [143,143,255] 8F 8F FF Sulphur sulphur yellow [255,200,50] FF C8 32 Chlorine green [0,255,0] 00 FF 00 Boron green [0,255,0] 00 FF 00 Phosphorus orange [255,165,0] FF A5 00 Iron orange [255,165,0] FF A5 00 Barium orange [255,165,0] FF A5 00 Sodium blue [0,0,255] 00 00 FF Magnesium forest green [34,139,34] 22 8B 22 Zn, Cu brown [165,42,42] A5 2A 2A Ni, Br brown [165,42,42] A5 2A 2A Ca, Mn, Al dark grey [128,128,144] 80 80 90 Ti, Cr, Ag dark grey [128,128,144] 80 80 90 F, Si, Au goldenrod [218,165,32] DA A5 20 Iodine purple [160,32.240] A0 20 F0 Lithium firebrick [178,34,34] B2 22 22 Helium pink [255,192,203] FF C0 CB Unknown deep pink [255,20,147] FF 14 93 Group 顏色表示法 RasMol group 顏色表示法， 是以單元在分子鏈中的相對位置來指定顏色。 每一條分子鏈的顏色就像是一條平滑的光譜， 從藍色､ 綠色､ 黃色､ 橘色， 最後是紅色。 蛋白質的 N 端是藍色 (與 CPK 中氮的顏色類似)， C 端是紅色 (與 CPK 中氧的顏色類似)。 核酸的 5' 端是藍色， 3' 端是紅色。 如果一條分子鏈伴隨著很多異質的分子， 分子可能就無法呈現整個光譜色階。 這是因為 group 顏色的決定是依照 PDB 檔案中單元編號而定， 號碼小的是藍色， 號碼大的是紅色。 因此，如果PDB 檔案中含有大量的異質原子， 如水分子， 會佔用大的號碼， 真正的分子鏈可能是以藍綠呈現， 而水分子則是以黃紅呈現。 這個情況在水分子數目多於胺基酸單元數目時更顯著。 為避免這樣的情況， 可以在使用 group 顏色表示法之前， 先輸入 set hetero off 指令， 或從圖形視窗的 選項 (Options) 選單中， 點選 Hetero atoms 來取消異質單元的選取， 讓 RasMol 僅選用 非異質單元 來決定 group 的顏色表示。 Shapely 顏色表示法 RasMol shapely 顏色表示法， 根據 Bob Fletterick 的 "Shapely 模型"， 依照單元的性質來指定顏色。 每一個胺基酸或核酸單元都有特別的顏色。 這個顏色表示法與 amino 顏色表示法類似。 Structure 顏色表示法 RasMol structure 顏色表示法是以蛋白質的二級結構來指定分子的顏色。 alpha 螺旋是紫紅色， [255,0,128]； beta 摺疊是黃色， [255,200,0]； 轉折(turns) 是淡藍色， [96,128,255]； 其餘的單元都是白色。 至於二級結構的決定， 則是直接由 PDB 檔案讀取 (HELIX 及 SHEET 欄位)； 如無該資訊， 則利用 Kabsch 及 Sander 的 DSSP 計算法來決定。 如欲特別指定 DSSP 方法來決定， 則需執行 structure 指令。 Temperature 顏色表示法 RasMol temperature 顏色表示法是根據 PDB 檔案中每個原子的溫度 beta 值來決定。 這個值所代表的是原子在該位置的移動性、不確定性。 大的值是以暖 (紅) 色來表示， 小的值以寒 (藍) 色表示。 這個表示法也常用來在 PDB 檔案中， 來和原子的一些大小性質結合 (例如， 病毒胺基酸的突變性)， 以給定分子的顏色。 temperature 和 charge 顏色表示法不同之處， 在於前者之顏色隨著溫度增加由藍變紅， 而後者則是隨著電荷增加由紅變藍。 Charge 顏色表示法 RasMol charge 顏色表示法根據座標輸入檔中所給定的原子電荷 ( 或是 PDB 檔案中 beta 因子欄位) 來指定顏色。 大的值是藍色(帶正電)， 小的值是紅色(帶負電)。 這裡顏色的指定不是絕對的， 也就是說 RasMol 會先決定電荷的極大和極小值， 再內插其他值在紅到藍色之間。 因此， 我們不能假定綠色就是電中性。 charge 與 temperature 顏色表示法不同之處， 在於後者之顏色隨著溫度增加由藍變紅， 而前者則是隨著電荷增加由紅變藍。 在 charge/temperatune 欄位中， 如果所儲存的值合適， 亦可利用 RasMol colour dots potential 指令， 根據靜電位能來指定點表面 (dots surface) 的顏色 (點表面是利用 dots 指令所產生的)。 User 顏色表示法 RasMol user 顏色表示法 利用 PDB 檔案中所給定的顏色表示法來指定分子的顏色。 每個原子的顏色是儲存於 PDB 檔案中 COLO 欄位。 但是， 一般來說， 如果你想要自定分子之顏色表示法， 利用指令集比在 PDB 檔案中插入顏色值來得簡單。 此外，指令集不限於單一分子模型， 還可用於其他分子。 可參考 顏色表示指令集 實例。 HBond Type 顏色表示法 RasMol type 顏色表示法僅用於氫鍵的表示， "colour hbonds type"。 蛋白質鏈裡的氫鍵， 依其長短不同， 而給定不同的顏色。 This schematic representation was introduced by 這種表示法是由 Belhadj-Mostefa 及 Milner-White 所提出， 由另一種角度來看蛋白質的二級結構 (alpha 螺旋裡的氫鍵是紅色， 摺疊的氫鍵是黃色， 而轉折是紫紅色)。 Offset Colour Triple +2 white [255,255,255] +3 magenta [255,0,255] +4 red [255,0,0] +5 orange [255,165,0] -3 cyan [0,255,255] -4 green [0,255,0] default yellow [255,255,0] Potential 顏色表示法 RasMol potential 顏色表示法僅用於點表面 (dot surface)， "colour dots potential"， 根據每個點在空間中的靜電位能決定點表面的顏色。 而靜電位能則是以 PDB 檔案裡原子的電荷 (temperature/charge 欄位)， 利用庫倫定律計算得到。 與 colour charge 指令利用相同的資料， 但是顏色的表示則不同， 這個顏色表示法中小的值是藍、白色， 大的值是紅色。 下面所列的是利用介電常數 10 的位能顏色表示： 25 < V red [255,0,0] 10 < V < 25 orange [255,165,0] 3 < V < 10 yellow [255,255,0] 0 < V < 3 green [0,255,0] -3 < V < 0 cyan [0,255,255] -10 < V < 3 blue [0,0,255] -25 < V < -10 purple [160,32,240] V < -25 white [255,255,255]