* 特別注意: Set 指令, 有很多重要的 選項設定; 例如, set picking 的設定, 可以測量 距離、 角度, 以及 兩面角 等。 Backbone 語法: backbone {<boolean>} backbone <value> backbone dashes RasMol backbone 指令, Background 語法: background <colour> RasMol background 指令, 是用來設定圖形視窗的背景顏色。 可直接利用顏色名稱, 或 RGB 的表示法, 來指定顏色; 如 background white, 或 background [255, 255, 255], 可將圖形視窗的背景設定成白色。 在指令視窗中, 輸入 help colours 指令, 即可得到 RasMol 程式可接受的顏色名稱。 background 指令, 與 set background 相同。 Cartoon 語法: cartoon <number> Centre 語法: center {<expression>} centre {<expression>} RasMol centre 指令, 是用來定義分子模型的 旋轉中心。 若其後沒有參數, 則 旋轉中心 將被設定為分子的重心; 若其後的 原子表示式, 定義此分子中原子的 子集合, 則 旋轉中心 是 子集合中原子的重心。 如果 原子表示式 僅定義了一個原子, 那麼 這個原子在 旋轉時, 會保持不動。 輸入 help expression, 可得到更多原子表示式相關資訊。 Clipboard 語法: clipboard RasMol clipboard 指令, 可將目前分子模型的圖形, 暫存於 視窗(windows) 環境的剪貼板(clipboard), 便於將分子圖形, 剪貼於其他應用軟體上。 Colour 語法: colour {<object>} <colour> color {<object>} <colour> color {<object>} <[RGB triplet]> 將所選取的區域, 以指定的顏色表示。 可直接利用顏色名稱, 或 RGB 的表示法, 來指定顏色: 如 [255, 255, 255] 表示的是白色。 在指令視窗中, 輸入 help colours 指令, 即可得到 RasMol 程式可接受的顏色名稱。 Connect 語法: connect {<boolean>} RasMol connect 指令, 會再計算目前分子的鍵結。 若原始的輸入檔中, 已含有鍵結資訊, 將省略不用。 connect false 指令, 利用快速的計算方面來決定鍵結, 較適用於大型生化分子, 如蛋白質, 核酸等; connect true, 則是使用較緩慢較精確的方法, 利用共價半徑來決定原子的鍵結, 較適於含有無機元素或環形的小分子。 如果沒有給定參數, RasMol 將由輸入檔中原子的數目來決定用那一種方法, 大於 255 個原子的就利用快速法。 而這也是當 RasMol 首次讀入分子原子座標後, load, 如有需要決定鍵結時, 所用的方法。 CPK 語法: cpk {<boolean>} cpk temperature cpk user cpk <value> 與 RasMol spacefill 指令功能相同。 Define 語法: define <identifier> <expression> RasMol define 這個指令 可以 定義 自設的 原子集合, 並給予一個特別的 識別(identifier)。 Dots 語法: dots {<boolean>} dots <value> RasMol dots dots 指令, 是將目前被選取的原子, 以等距分佈的點 來圖示 凡得瓦(Van der Waal's)表面。 若某些表面點, 是隱藏於內部, 則不會顯現; dots on 指令, 會清除任何現有的表面點圖示, 以預設之 100 的點密度, 來圖示被選取原子的凡得瓦(Van der Waal's)表面。 dots off 指令, 會清除圖形區域內的表面點圖示。 點密度 的 設定值, 介於 1 ~ 1000 之間, 這個數值大約是一個中等大小原子 的表面點數。 j 以預設之 100 的點密度, 來圖示被選取原子的凡得瓦(Van der Waal's)表面。 表面點的顏色, 與距離最近的原子顏色相同; 但可利用 colour dots 指令來改變。 Echo 語法: echo {<string>} RasMol echo 指令, 是用來在 指令視窗顯示訊息。 為避免混淆, 字串參數 (string), 可以置於 " " 之中; 若無參數設定, echo 指令 在視窗顯示 空白行。 這個指令在 指令集 script 檔案中, 用來顯示訊息, 特別有用。 Exit 語法: exit RasMol exit 指令, 是用來結束一個 指令集 的執行 (以回到 指令行 或是 上層指令集), 或是 關閉與其他 程式之間的聯繫。 而 quit 指令, 則是用來結束 RasMol 程式本身。 HBonds 語法: hbonds {<boolean>} hbonds <value> RasMol hbond 指令, 是用以表現蛋白質分子主幹的氫鍵。 這項訊息對於分析蛋白質的二級結構, 非常有用。 在圖形中氫鍵以虛線或棍棒, 連接 給體(donor) 與受體 (acceptor)。 第一次輸入 hbond 指令時, 所有的 氫鍵 數目會列於 指令視窗 中。 hbond on 指令, 會將所選取的 "鍵結", 以虛線表示; 而 hbond off 則清除這些連結。 氫鍵顏色之預設值, 為所連接原子的顏色, 但可以用 colour hbond 指令來改變。 另外, 這些 鍵結虛線 一般是連接 給體氧原子 與 受體氮原子, 但可以利用 set hbonds 指令, 改成連接 給體 與 受體 的 alpha 碳, 這樣的表示主要用在檢視 蛋白質 的主幹。 Help 語法: help {<topic> {<subtopic>}} ? {<topic> {<subtopic>}} help 指令 提供線上使用說明。 Label 語法: label {<string>} label <boolean> RasMol label 指令, 可將任意的文字內容標記到目前所選取的原子上。 這個文字內容可以含有原子表示式, 將 所連繫的原子個別特性表現出來。 在表示式中, "%" 符號後接一個字母, 即特指原子的某一特性。 而真正的 "%" 符號, 在表示式中, 則以 "%%" 來表示。 原子的標記, 可以 label off 指令來取消。 當沒有特別指定標記文字內容時, RasMol 會自動選擇適當的標記： 如果分子含有一條以上的鍵, 則使用 "%n%r:%c.%a"; 如果分子只有一個單位 (只是一個小分子), 則使用 "%e%i""%e%i", 在所有其他的情況下, 則是 "%n%r.%a" 來標記。 標記的顏色, 可用 colour label 指令來改變。 在沒有特別指定的狀況下, 標記文字內容的顏色是預設為原子的顏色。 而字體的大小, 則可用 set fontsize 指令來改變。 下面所列的即為表示式中的特性指定符號： %a 原子名稱 (Atom Name) %b %t B-因子/溫度 (B-factor/Temperature) %c %s 鍵標識 (Chain Identifier) %e 元素符號 (Element Atomic Symbol) %i 原子序號 (Atom Serial Number) %m 一個字母胺基酸簡稱 (single letter amino acid code) %n 三個字母單元名稱 (Residue Name; three letter code) %r 單元號碼 (Residue Number) RasMol 原子表示式的語法, 可以在一個 NMR 檔案中, 選擇個別的分子構形, 如 ::25 選取分子的 模型 25 這相當於原子表示式 model = 25 , 如同 model 關鍵字, 可用於比較表示式中。 原子表示式一般的格式是 CYS32:A:25.SG, 所表示的是模型 25 , A 鏈的 Cysteine-32 單元裡的 gamma 硫。 個別的鏈, 可以 ":A" 來表示 A 鏈; ":1" 表示第一條鏈。 (上面的說明也就是表示 "*:A" 中的表示任意單元的 *,可以省略)。 同樣的, 在NMR模型中, ":A:4" 代表 模型 4的 A鏈。 Load 語法: load {<format>} <filename> load {<format>} inline 讀入分子的座標檔案。 程式可接受的檔案格式包括 pdb (Brookhaven Protein Databank), mdl (Molecular Design Limited's MOL file format), alchemy (Tripos' Alchemy file format), mol2 (Tripos' Sybyl Mol2 file format), mopac (mopac file format; either cartesian or z-matrix format), nmrpdb (nmr multi-pdb file format), charmm (CHARMm file format), xyz (MSC's XMol XYZ file format)。 其中 pdb 是沒有特別指定時的預設格式。 程式每次僅能讀入一個分子的座標, 在讀入分子座標之前, 可以用 RasMol zap 指令來刪除原來的分子。 當 load 指令讀入分子後, 所有的原子都預設成被選取, 模型會置於螢幕正中央, 以 CPK 顏色的鐵絲網狀模型來表示。 如果分子中沒有鍵結 (亦即只有 alpha 碳), 將以 alpha 碳主幹模型來表示。 如果檔案中的鍵數少於原子數, RasMol 會用 connect 指令來決定分子中原子的連結性。 load inline 指令, 可接受 原子座標於程式集中之儲存, 以便在使用 WWW 瀏覽器時, 有較佳的整合性。 在程式集中, 執行讀入分子的指令時, 可以用 inline 關鍵字取代檔案名稱, 亦即表示分子的座標, 儲存於目前正在執行指令的程式集檔案內。 一個典型的用法, 如在程式集檔案中, 有 load pdb inline, 指令, 其後又有其他的 RasMol 指令, 最後是 exit 指令。 exit 結束目前程式集的執行, 將控制交給指令行 (或上一層的程式集), 也就是說在 exit 之後的資訊 RasMol 會略過不執行。 因此可以用儲存分子的原子座標, 因為 PDB 檔案中的任一行, 如果不是以 ATOM, HETATM, TER 等開頭, PDB 檔案解釋器將略過。 如此一來, 一個檔案可以同時是 RasMol 程式集, 也是一個 PDB 檔案。 例如一個標準的 RasMol 程式集, 可以與任意 PDB 檔案結合在一起。 Monitor 語法: monitor <number> <number> monitor {<boolean>} RasMol monitor 指令, 可以顯示原子間的距離關係。 這是以介於兩個原子之間的虛線來表示, 並可標記其間的距離。 任兩個原子之指定, 則是以 monitor 的兩個原子序號參數來決定。 monitors off 是取消原子對距離關係的顯示。 並沒有特別指定時, 兩個原子之距離是標記在虛線的正中間, 距離標記的取消或啟動, 則是以 set monitors off 及 set monitors on。 距離關係的顏色表示, 和很多其他的性質的顏色表示一樣, 可由兩端原子的顏色所決定, 或是用 colour monitors 指令特別指定。 距離關係的表示也可以用滑鼠直接來啟動, 在輸入 set picking monitor 指令後, 滑鼠每選按兩個原子後, 其距離關係便會顯示。 如果配合使用 shift 鍵, 則可得到特定一個原子與其他原子的距離關係。 已被選取顯示距離關係的原子對, 如再被第二次點選, 則距離關係顯示會取消。 Pause 語法: pause wait Rasmol pause 指令可用以暫時停止程式集中指令的執行, 用滑鼠來做一些模型的顯示操作, 以對分子模型影像做較仔細的檢視。 pause 指令之作用與 wait 相同, 只要按鍵盤中的任一鍵, 即可將控制轉回程式集 pause 指令的下一行處。 pause 指令可以有效的結合 echo 指令, 使模型之顯示更具說明性, 在教學說明上非常有用。 一個常用的例子, 是在 pause 指令前有一個 "echo press any key to continue"。 當在 pause 執行時, 可用 control-D 或是 control-Z 來中斷程式集。 另外, 還可利用 set picking none 指令, 來避免暫停時, 因滑鼠點選在指令視窗中產生訊息。 Print 語法: print Rasmol print 指令, 可將目前所顯示的分子圖形, 由印表機列印出來。 這個指令僅用於微軟視窗及麥金塔的輸出裝置。 當使用 UNIX 等系統時, 可利用 write ps 或 write vectps 等指令。 其他關於高解析度的列印技巧, 可參考 FAQ。 Quit 語法: quit 離開 RasMol 程式。 與 exit 指令 的功能不同。 Refresh 語法: refresh refresh 指令 是用於 指令集(script) 檔案, 來重新描繪分子模型圖示。 Renumber 語法: renumber {{-} <value>} RasMol renumber 指令, 可將一個巨型分子鏈中的單元依序編號。 可用參數來指定第一個號碼, 甚可從負值開始。 當沒有特別指定時, 是從 1 開始。 對蛋白質來說, 胺基酸是由 N 端到 C 端, 依序排列; 而核酸, 鹽基則是由 5' 端到 3' 端。 重新依序編號, 將不會考慮原來的跳號情形。 Reset 語法: reset RasMol reset 指令, 恢復 模型原始的 檢視 方向、 大小, 以及旋轉中心 (分子的幾何中心, 移至圖形區域的正中央)。 這個指令與 zap 不同, zap 刪除目前的分子座標, 及各種設定, 恢復到程式最初狀態。 Restrict 語法: restrict {<expression>} RasMol restrict 指令, 選取分子的特定部份, 並於分子圖形中, 僅顯示被選取的部份。 任何接下來修改顏色或模型表示的指令, 都只對選取的部份有效。 restrict 指令的參數是 RasMol 的原子表示式, 會對分子中的各原子做計算。 這個指令與 RasMol select 非常類似, 差別在於 restrict 會將未被 選取的鐵絲狀模型、 空間填滿模型、 骨幹模型 刪除。 restrict 指令會將原子表示式之外的綵帶,線股,卡通,骨 幹等模型分子取消。 鍵入 "help experssion", 可得到 RasMol 原子表示式的相關資料。 Ribbons 語法: ribbons {<boolean>} ribbons <value> RasMol ribbons 指令會將蛋白質或核酸分子, 以一條沿著分子主幹的綵帶模型來表示。 綵帶是連接每一個被選取的胺基酸單元中的 alpha 碳。 綵帶的顏色可用 colour ribbon> colour ribbons指令來改變。 如果顏色值為 none (即預設值), 綵帶的顏色則是由每一個位置的 alpha 碳顏色來決定。 而 綵帶的寬度, 亦可由 RasMol單位參數來決定。 沒有特別指定時, 這個寬度的預設值, 對核酸是 720 (即 2.88 A) 之常數值, 而蛋白質則是依其二級結構而不同, alpha 螺旋及 beta 摺疊是 380 (即 1.52 A), 對 turn 及 random coil, 是 100 (即 0.4 A)。 二級結構的決定可直接來自 PDB 檔案, 或是利用如 structure 指令的 DSSP 計算方法來決定。 這個指令與 strands 指令類似, 後者是平行的曲線綵帶。 Rotate 語法: rotate <axis> {-} <value> 分子模型 沿著特定 座標軸 轉動。 <axis> 的設定可為 x 、 y, 或是 z; <value> 則是定義 旋轉的角度。 Save 語法: save {pdb} <filename> save alchemy <filename> save mdl <filename> 將目前 分子模型 中, 所選取的原子座標, 以 PDB、 Alchemy, 或是 MDL 的格式存檔。 save 指令 與 write 指令 非常類似, 其不同的地方是, 當沒有格式設定時, save 指令 產生的是 PDB 檔案, 而 write 指令 則是產生 GIF 的影像檔。 Script 語法: script <filename> RasMol script 指令從一個檔案中, 讀取 RasMol 程式的指令並執行。 如此便可將常用的一連串指令儲存起來, 而僅需輸入一個指令, 便可重複執行。 一個指令集檔案可以包含另一個指令集, 以便執行一連串複雜的指令; 但如此層次的結構,最多只能有 10層. 層。 在指令集檔案中, 每一行 # 符號後面的文字, RasMol 程式將會自動略過, 對於在檔案中做註解相當有用。 此外, echo 指令, 亦常在指令集中做註解之用。 可利用 write script 或 write rasmol 指令來產生指令集檔案, 將目前圖形視窗內所呈現的分子模型以指令方式儲存起來; 只是以這種方式所產生的指令集, 僅能呈現一個影像。 指令集檔案也可以利用編輯器直接編輯而成, 如此可以加入 pause, refresh 指令, 可製作分子的動畫; 詳細製作細節可參考 相關資料 RasMol source 指令, 與 script 相同。 Select 語法: select {<expression>} 用以定義分子目前所被選取的部份。 在定義所選取的部份後， 接下來的一些模型顯示的指令, 將只對被選 取部份有作用。 select 指令的參數是 RasMol 的表示式, 任何原子在經過表示式計算為 ture, 就會被選 取。 select all 指令 將選取整個分子; 如果沒有參數, select 指令的作用將由 RasMol 的 hetero 及 hydrogen 參數 所決定。 鍵入 "help experssion" 可得到 Rasmol 原子表示式的相關資料. 另外, 還可參考其他相關資料, Select commands in Chime and RasMol. Set 語法: set <parameter> {<option>} Rasmol set 指令, 讓使用者改變程式的內建參數, 如控制圖形表示的選項等。 每一個參數, 有其特定的參數值選擇。 一般來說, 如果省略參數值選項, 將會使該參數重設為預設值。 下面是參數的表列: Ambient Axes Background BackFade BondMode Bonds BoundBox Cartoon Display FontSize HBonds Hetero HourGlass Hydrogen Kinemage Menus Monitor Mouse Picking Radius Shadow SlabMode Solvent Specular SpecPower SSBonds StereoViewing Strands TransparentGif UnitCell VectPS Write Show 語法: show information show sequence show symmetry Slab 語法: slab {<boolean>} slab <value> RasMol slab 指令, 可用以產生､取消, 以及調整分子的 z-方向剖面。 此指令作用時, 將僅顯示位於剖面之後的分子模型。 剖面位置的設定值, 介於 0 至 100 之間, 0 為分子最後的剖面, 100 則是位於分子最前面, 其他中間值會決定分 子顯示的百分比。 注意, 因為分子旋轉時是藉由一個固定的剖面, 因此當 slab 作用時, stereo 並不能產生正確的立體影像。 其他相關訊息, 參見 set slabmode. Source 語法: source <filename> 與 RasMol script 指令功能相同。 Spacefill 語法: spacefill {<boolean>} spacefill temperature spacefill user spacefill <value> RasMol spacefill 指令將所有目前被選取的原子以實心圓球表示。 事實上, 這個指令 在空間填滿 或是 球棒模型 都會使用到。 spacefilll true (預設值) 指令, 是以原子的凡得瓦半徑定義 球 的大小; spacefill off 指令, 則是取消原子的球形表示; 球半徑的大小, 可以用 RasMol 單位 (即 1/250 Angstrom) 的整數倍表示, 或是以帶有小數點的 數值表示 (即以埃為單位); 數值的大小不能超過 750 (3.0 Angstroms)。 若使用 temperature 選項, 則會將座標檔案中的溫度欄的值, 設成球的半徑大小。 這個欄位如果是 0 或 負值, 將沒有作用; 如果大於 2.0, 則以 2.0 為球半徑。 user 選項則是保留給使用者, 利用 PDB 座標檔案中, Raster 3D 顏色項目的延伸資料來指定。 RasMol cpk 指令, 與 spacefill 相同。 SSBonds 語法: ssbonds {<boolean>} ssbonds <value> RasMol ssbonds 指令將蛋白質中連接兩個 cysteines 的雙硫鍵(disulphide birdege), 以虛線或是圓柱來表示。 首次使用 ssbonds 指令時, 程式會尋找蛋白質內的雙硫鍵 (即兩個 cysteines之間硫的距離在3 Angstroms以內), 顯示其數目。 ssbonds on 指令以虛線來表示雙硫鍵, ssbonds off 指令則將雙硫鍵之顯示取消。 雙硫鍵的選取與 其他鍵相同, 也可用RasMol set bondmode 指令來調整。 雙硫鍵的顏色表示可用 colour ssbonds 指令來改變, 而其預設是所連接的原子的顏色。 如果沒有特別指定, 雙硫鍵所連接的是 cysteine 中的硫原子; 但這可用 set ssbonds 指令改變成連接 alpha 碳原子。 Stereo 語法: stereo on stereo [-] <number> stereo off RasMol stereo 指令, 會顯示兩個並列的分子圖形, 用以檢視分子的立體模型。 立體檢視分子模型可直接鍵入指令, stereo on (stereo off), 或利用 Options 選單 中的 Stereo 選項來啟動或取消。 兩個並列圖形的分離角度, 可以 set stereo [-] <number> 指令來設定, 正的值是以 crossed eye 檢視, 而負值是以 wall eye 檢視。 stereo 3 , stereo -5 等, 亦有同樣的角度設定功能。 注意, 立體檢視啟動時, 圖形可能並未正確地置於中央, 可以 translate x -<number> 來調整。 另外, 當剖面 (slab) 功能啟動時, 不能立體檢視分子模型。 Strands 語法: strands {<boolean>} strands <value> strands dashes RasMol strands 指令將蛋白質或核酸分子以類似彩帶的平行曲線來表示。 這些曲線沿著縮胺平面, 連接被選取胺基酸的 alpha 碳, 並平行於縮銨平面。 曲線的顏色可由 RasMol colour ribbon 來設定。 如果綵帶 (ribbon) 顏色的設定值為 none (即預設值), 則是以每個位置的 alpha 碳的顏色來決定。 曲線中間及外面的線條顏色可以分別以 colour ribbon1 , 及 colour ribbon2 指令來設定。 而曲線線條之數目可用 set strands 指令來設定。 線股綵帶的寬度亦可由參數來控制(用 RasMol 之通常單位)。 沒有特別指定時, 核酸綵帶寬度為 720 (即 2.88 埃) 之常數值; 而蛋白質的寬度是由其二級結構來決定: alpha 螺旋 及 beta 摺疊的寬度預設值為 380 (即 1.52 埃), 對 轉折 及 任意線圈的寬度預設值為 100 (即 0.4 埃)。 二級結構的決定可直接來自 PDB 檔, 或是利用如 structure 的 DSSP 計算方法來決定。 這個指令與 光面綵帶模型的 ribbons 指令非常類似。 鐵絲網狀模型､ 主幹模型, 及 線股模型, 可利用 wireframe, backbone 及 strands 等指令的 dash 或 dashs 參數, 改為虛線圖形。 Structure 語法: structure RasMol structure 指令是用以計算蛋白質的二級結構。 果原始的座標檔案中已有二級結構的資料 (HELIX, SHEET), 將捨棄不用。 首先計算出分子中所有的氫鏈, 利用 Kabsch 及Sander 的 DSSP 方法決定出分子的二級結構, 再顯示各種二級 結構 (螺旋、 線股、 轉折等) 的數目。 Trace 語法: trace {<boolean>} trace <value> trace temperature RasMol trace 指令用平滑的曲線來連接 alpha 碳。 這一條曲線不一定剛好穿過 alpha 碳, 而是與 ribbons, strands, 及 cartoons 等的路徑一致。 每一個胺機酸單元僅可選用 綵帶模型、 線股模型、 卡通模型, 或是 軌跡模型 的其中之一來表示, 而不能同時選用兩種上述之模型。 但是 主幹模型 則可與上述任一模型並用 [此功能在未來新的版本可能會有所改變]。 [2.6 版本之前, trace 與 backbone 相同]。 Trace temperature 以較粗的圓柱 來表示高溫的主幹, 較細的表示低溫, 這樣的表示法對結構結晶學 及 NMR 光譜學很有用。 Translate 語法: translate <axis> {-} <value> RasMol translate 指令可將分子在圖形視窗中移動。 軸參數 (<axis>, 可為 x, y, 或 z ) 指定分子移動的方向; 其後的整數值, 則是分子中心相對於視窗中心的位置, 為 100 與 -100 之間的值。 正的 x 方向位移, 會將分子向右移; 而正的 y 方向位移, 會將分子向下移。 translate x 0 及 translate y 0 兩個指令可將分子置於螢幕的中央。 Wireframe 語法: wireframe {<boolean>} wireframe <value> wireframe dashes Write 語法: write {<format>} <filename> 將目前視窗中的模型以標準的影像圖形格式存檔。 可使用的格式包括 "gif" (Compuserve GIF), "iris" (IRIS RBG format), "ppm" (Portable Pixmap), "ras" (Sun rasterfile), "ps", 以及 "epsf" (Encapsulated PostScript), "monops" (Monochrome Encapsulated PostScript), "vectps" (Vector PostScript, 見下面說明), "bmp" (Microsoft bitmap) and "pict" (Apple PICT)。 write 指令也可用以產生圖形軟體的指令集檔案: 指定 script 格式, 可產生RasMol 的指令集檔, 以重現目前之圖形; 而指定 molscript 格式, 則會產生 Per Kraulis 的 Molscript 程式的指令集, 產生分子的綵帶模型； 另外, kinemage 格式, 則會產生 David Richardson 的 Mage 程式的指令。 RasmMol write vectps <filename> 指令, 用以產生印表機解析度的 postscript 檔案, 再以印表機列印出來 (這個指令並沒有列於圖形視窗功能表上的 export 選單, 也沒有列於線上說明。 write ps <filename> 則是產生螢幕解析度的 postscript 檔案。) 向量 postscript 檔案 格式目前並 不支援 綵帶、 卡通、 線股、 略圖 (trace) 等模型。 注意 set vectps on 指令在 模型球 及 模型鍵結棒 上, 加上輪廓, 但目前對球與 一個以上的球相交的情況, 並不適用, 因此對多數空間填滿模型並不適用, 棍棒 或 球棒模型則可。 要產生 高解析度 的圖形輸出檔案, 可參考 FAQ 中的討論。 這個指令與 save 指令, 實際上功能相同。 唯一的不同是, 當沒有特別指定儲存格式時, save 指令將產生 PDB 檔案, 而 write 指令產生的是 GIF 圖形檔案。 set write 指令是用以 允許或取消 在指令集中使用 "save" 或 "write" 。 "write gif <filename>" 指令可以產生透明背景透明的 GIF 檔。 這是由 "set transparent on" 及 "set transparent off" 指令來控制的。 Zap 語法: zap 刪除目前的所有分子資料內容, 並將所有 程式環境參數 重新設定為預設值。 Zoom 語法: zoom {<boolean>} zoom <value> 用以改變圖形視窗內分子的大小。 其後若跟的是 boolean 參數, 會將模型 放大, 或還原為原來大小。 其後若是 數值參數, 則為放大的百分比 (最小值為 10, 最大值則隨 所檢視之模型大小而不同; 對一個中等大小的 蛋白質 來說, 這個值大約為 500)。