RasMol 將常用之分子特定部份， 予以分類 (見 簡單的圖示) 為下表所列之各集合。 此外， RasMol 亦將元素名稱視為預設集合， 包含所有相同元素之集合， 如 select oxygen 指令與 select elemno=8 指令相同。

AT 集合 這個集合包含成對的腺嘌呤 (adenosine, A) 及 胸嘧啶 (thymidine, T)。 所有核酸鹼基對可以劃分為 at 集合及 cg 集合。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "a,t" 或 "nucleic and not cg" Acidic 集合 酸性胺基酸， 即 (Asp, Glu)。 所有的胺基酸可分為酸性、鹼性及中性 (acidic, basic or neutral) 等三類。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "asp, glu" 或 "amino and not (basic or neutral)" Acyclic 集合 非環狀或不含環狀結構的胺基酸所成之集合。 所有胺基酸可類分為環狀 或非環狀 (cyclic or acyclic) 。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "amino and not cyclic" Aliphatic 集合 脂肪族的胺基酸所成之集合， 即 (Ala, Gly, Ile, Leu, Val)。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "ala, gly, ile, leu, val" Alpha 集合 蛋白質分子中 alpha 碳所形成之集合。 注意：這個集合與 helix 集合不同， 因為後者定義的是蛋白質分子的 alpha 螺旋。 這個集合幾乎等於 RasMol 原子表示式 "*.CA" Amino 集合 所有胺基酸單元中的原子所成之集合。 這對於區分結構中的蛋白質及核酸 (或其他非蛋白質分子) 非常有用。 Aromatic 集合 芳香族的胺基酸所成之集合， 即 (His, Phe, Trp, Tyr) 等。 由於這個集合含有芳香環， 因此其為 cyclic 集合的子集合。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "his, phe, trp, tyr" 或 "cyclic and not pro" Backbone 集合 這個集合又可稱為 mainchain ， 包括胺基酸中形成蛋白質主幹的縮氨原子 N-C-C-O ， 及核酸主幹的糖及磷酸原子。 這兩種主幹可利用預設集合 protein 及 nucleic 來區分。 而整個核酸或蛋白質分子中的原子， 不是屬於 backbone， 就是屬於 sidechain。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "(protein or nucleic) and not sidechain" Basic 集合 鹼性胺基酸所成之集合， 即 (Arg, His, Lys) 等。 所有胺基酸可以分為, 酸性、鹼性， 及中性 (acidic, basic or neutral) 等三類。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "arg, his, lys" and "amino and not (acidic or neutral)" Bonded 集合 與其他原子有鍵結的原子所成的集合。 Buried 集合 這個集合是由喜歡埋在蛋白質內部、 不喜歡接觸溶劑分子的胺基酸所組成。 這個集合是以胺基酸的傾向分類， 而不是實際與溶劑接觸的程度。 所有胺基酸可依此分為 表面 及 隱藏 (surface or buried) 兩類。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "amino and not surface" 或 "ala, leu, val, ile, phe, cys, met, trp" 或 "(hydrophobic and not pro) or cys" CG 集合 這個集合包含成對的胞嘧啶 (cytidine, C) 及 鳥嘌呤 (guanosine, G)。 所有核酸鹼基對可以劃分為 at 集合及 cg 集合。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "c,g" 或 "nucleic and not at" Charged 集合 由帶電荷的胺基酸所組成之集合， 可為酸性或鹼性 (acidic or basic)。 所有胺基酸可以二分為， 帶電荷或中性 (charged or neutral.)。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "acidic or basic" 或 "amino and not neutral" Cyclic 集合 環狀或含有環狀結構之胺基酸所成之集合。 所有胺基酸可以二分為 環狀或非環狀 (cyclic or acyclic)。 環狀胺基酸有 (His, Phe, Pro, Trp, Tyr) 等， 其中除了 (proline) 之外， 也屬於芳香族的 aromatic 集合。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "his, phe, pro, trp, tyr" 或 "aromatic or pro" 或 "amino and not acyclic" Cystine 集合 這個集合是由形成雙硫鍵的 (cysteine) 胺基酸原子所組成。 雙硫鍵可由預設集合 cystine， 或是 ssbonds 指令來決定； 否則， RasMol 亦會自動決定。 若要指定非雙硫鍵的 (cysteine)， 可利用下面這個原子表示式， "cys and not cystine"。 Helix 集合 蛋白質中 alpha 螺旋的原子所成之集合。 螺旋結構的決定是直接來自 PDB 檔案， 如果此項資料並未提供， 則利用 Kabsch/Sander 的 DSSP 計算方式， 即 RasMol structure 指令所用的方法。 注意， 這個集合與另一個預設集合 alpha 不同， 後者所指的是蛋白質中的 alpha 碳原子所成之集合。 Hetero 集合 分子結構中, 異質原子所成之集合。 這些原子在 PDB 檔案中， 是以 HETATM 標頭來標示。 這些通常包括水、 共存因子， 以及其他溶劑和配位基。 所有的 hetero 原子又可分為 ligand 及 solvent 集合。 而 solvent 原子又可以更進一步類分為 水 及 離子 (water or ions)。 Hydrogen 集合 這是由分子結構中所有的氫 (及其同位素) 原子所成之集合。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "elemno=1" Hydrophobic 集合 疏水性之胺基酸所成之集合， 即 (ala, leu, val, ile, pro, phe, met, trp) 等。 所有胺基酸可以二分為， 疏水性或極性 (hydrophobic or polar.) 。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "ala, leu, val, ile, pro, phe, met, trp" 或 "amino and not polar" Ions 集合 這個集合包括所有異質的磷酸離子及硫酸離子。 在 蛋白質或核酸的 X 光 晶體結構分析中， 常有大量的此類離子存在， 而這些離子常造成影像模糊不清。 所有的 hetero 原子又可分為 ligand 及 solvent 集合。 而 solvent 原子又進一步類分為 水 及 離子 (water or ions)。 Large 集合 所有胺基酸可以分為， 大、中、小 (small, medium or large) 三類。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "amino and not (small or medium)" Ligand 集合 所有異質的共存因子及配位基所成之集合。 包括所有不屬於 solvent 集合的 hetero 原子。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "hetero and not solvent" Medium 集合 所有胺基酸可以分為， 大、中、小 (small, medium or large) 三類。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "amino and not (large or small)" 或 "val, thr, asp, asn, pro, cys" Neutral 集合 中性胺基酸所成之集合。 所有胺基酸可以分為， 酸性、鹼性， 及中性 (acidic, basic or neutral) 等三類。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "amino and not (acidic or basic)" Nucleic 集合 由四個核酸鹼基 (A, C, G, T) 組成的核酸分子中的所有原子。 四個核酸鹼基可以類分為 嘌呤 及 嘧啶 (purine or pyrimidine)。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "a,c,g,t" 或 "purine or pyrimidine" Polar 集合 具有極性之胺基酸所成之集合， 所有胺基酸可以二分為， 疏水性或極性 (hydrophobic or polar) 。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "amino and not hydrophobic" Protein 集合 蛋白質中的所有原子。 Purine 集合 嘌呤 核酸鹼基之集合， 即 腺嘌呤 (adenosine, A) 及 鳥嘌呤 (guanosine, G)。 所有核酸鹼基不是 嘌呤， 就是 嘧啶 (purinesor pyrimidines)。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "a,g" 或 "nucleic and not purine" Pyrimidine 集合 嘧啶 核酸鹼基之集合， 即 胞嘧啶 (cytidine, C) 及 腺嘌呤 (thymidine, T)。 所有核酸鹼基不是 嘌呤， 就是 嘧啶 (purines or pyrimidines)。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "c,t" and "nucleic and not pyrimidine" Selected 集合 這個集合所包含的是目前被選取的原子。 原子的選取則是事先由 select 或 restrict 指令所定義， 而不是由含有 selected 關鍵字的原子表示式來決定。 Sheet 集合 蛋白質中 beta 折疊的原子所成之集合。 折疊結構的決定是直接取自 PDB 檔案， 如果此項資料並未提供， 則利用 Kabsch/Sander 的 DSSP 計算方式， 即 RasMol structure 指令所用的方法。 Sidechain 集合 這個集合所包含的是胺基酸或核酸鹼基的官能基支鏈， 即不包括蛋白質主幹的縮氨 N-C-C-O ， 及核酸主幹的糖及磷酸。 如欲分別蛋白質及核酸的支鏈， 可利用預設集合 protein 及 nucleic 來區分。 整個核酸或蛋白質分子中的原子， 不是屬於 backbone， 就是屬於 sidechain。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "(protein or nucleic) and not backbone" Small 集合 所有胺基酸可以分為, 大、中、小 (small, medium or large) 三類。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "amino and not (medium or large)" 或 "ala, gly, ser"。 Solvent 集合 這是分子座標檔案中溶劑原子所成的集合， 包括異質的水分子、 磷酸及硫酸離子。 所有的 hetero 原子可分為 ligand o及 solvent 集合。 而 solvent 原子又可以更進一步類分為 水 及 離子 (water or ions)。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "hetero and not ligand" 或 "water or ions" Surface 集合 這個集合是由喜歡位在蛋白質表面、 喜歡接觸溶劑分子的胺基酸所組成。 這個集合是以胺基酸的傾向分類， 而不是實際與溶劑接觸的程度。 所有胺基酸可依此分為 表面 及 隱藏 (surface or buried) 兩類。 這個集合等於 RasMol 原子表示式 "amino and not buried" 或 "gly, ser, thr, lys, asp, asn, glu, pro, arg, gln, tyr, his" 或 "(polar and not cys) or pro" Turn 集合 蛋白質的二級結構， 轉折 (turn) 的原子所成之集合。 轉折結構的決定是直接來自 PDB 檔案， 如果此項資料並未提供， 則利用 Kabsch/Sander 的 DSSP 計算方式， 即 RasMol structure 指令所用的方法。 Water 集合 分子結構中， 所有異質的水分子所成之集合。 在 蛋白質或核酸的 X 光 晶體結構分析中， 常有大量的水分子， 而這些水分子常造成影像模糊不清。 所有的 hetero 原子可分為 ligand 及 solvent 集合。 而 solvent 原子又進一步類分為 水 及 離子 (water or ions)。