日據時代時，日本人已經針對櫻花鉤吻鮭的分類、分佈與食性等基礎生態資料有一定的了解，並且依據其特有及稀有性，制訂為「天然紀念物」的一員，並且在兼顧泰雅族漁獵傳統與生態保育下，訂定嚴格的保育措施，以求永續利用。

日本人大島正滿於1919年，報導櫻花鉤吻鮭的分類地位。於1936年，介紹其生態學，並開啟了台灣淡水魚生態學研究的濫觴。日據時代日本人至少發表了七篇有關台灣櫻花鉤吻鮭的學術研究與保育相關的文章，但二次大戰末期至光復後四十年（1940至1980），櫻花鉤吻鮭的研究幾乎陷於停頓，此一時期只有三篇文獻報導。一直要到1985年，農委會成立保育科之後，櫻花鉤吻鮭的保育始獲得政府的重視，台灣淡水魚生態研究才再度開始發展。因此，無論是日據時代或光復之後，櫻花鉤吻鮭可以說是展開淡水魚保育與生態研究序頁的始祖。