利用標準的邏輯操作， and 、 or 及 not 等， 可以建構出相當複雜的原子表示式。 "&"、 "|" 及 "!", 分別是前述各操作的縮寫。 小括號( )， 可用以改變操作的先後次序。 另外， 為了清楚起見， "," 可用來分隔表示式中的邏輯片段。

原子表示式是分別對每一個原子操作， 因此， "protein and backbone" 表示式 所指定的是蛋白質主幹的原子， 而非蛋白質及其他主幹的原子！

      例:    backbone and not helix
             within( 8.0, ser70 )
             not (hydrogen or hetero)
             not *.FE and hetero
             8, 12, 16, 20-28
             arg, his, lys

• 實例
• 基本表示式
• 預設集合
• 比較操作,
• Within 表示式

原子表示式之實例 下面例舉了一些有用的 RasMol 原子表示式： 表示式 說明 * 所有的原子 cys (cysteines) 的原子 hoh 異質水分子的原子 as? (asparagine) 或 (aspartic acid) 的原子 *120 所有鏈的 120 號單元的原子 *p P 鏈裡的原子 *.n? 氮原子 cys.sg (cysteine) 單元裡的硫原子 ser70.c? (serine-70) 裡的碳原子 hem*p.fe P 鏈血紅素裡的鐵原子 基本表示式 基本表示式 是 各種複雜的原子表示式的基礎。 基本表示式又可分成兩種不同的方式， 第一種是指定單元(residue) 編號或 單元編號的範圍。 一個單獨的單元， 是以其編號(即在序列中的位置) 來指定； 而一範圍的單元 則是指定其上下值， 並以橫線連結。 例如： "select 5,6,7,8" 及 "select 5-8"， 所選取的是一樣的原子， 即 所有鏈中的單元號碼符合者。 第二種方式是對原子的特定描述： 首先指定單元， 接著可再指定其中的特定原子。 指定單元，可在單元名稱後加上單元編號及分子鏈的識別。 單元名稱通常為三個以內的英文字母， 大小寫都可以， 所以 SER 及 ser 是相同的， 都是指定所有的 (serine) 單元。 單元名稱若含有非英文字母的符號， 可用中括號來特別區分標示， 如硫酸根離子， [SO4]。 單元編號是單元在分子中的序列位置， 編號可以是負值， 表示法如 SER70。 當單元名稱及編號同時指定時， 如果該號碼位置的單元名稱不符， 則將不會有任何原子被選取。 分子鏈的識別則通常是以一個字母或數字來表示。 若以數字來代表鏈， 須用 ":" 來和單元編號區隔， 如 SER70A 及 SER70:1。 單元中特定原子的指定， 則是在單元指定之後加上一個 "." 及原子名稱。 而原子名稱可以由 4 個以內的字母及數字組成。 "*" 可用以代表任何字母數字組成， "?" 則代表一個任意字母或數字。 比較操作 分子的部分片斷， 可以用等於、 不等於， 以及排序等操作來比較其性質。 性質比較的格式是先給特性名稱， 接著是比較操作， 再是一個用以比較的整數值。 在 RasMol 中, 原子的性質有代表原子序號的 atomno， 表示原子序的 elemno， 原子空間填滿模型半徑的 radius (以 RasMol 長度單位為單位；若不以球狀表示時， 其值為 0)， 以及表示 PDB 檔案裡的不均一溫度值的 temperature 等。 等於 的操作是以 = 或 == 來表示； 不等於 的操作則是以 <> 或 != 或 /= 來表示； 而排序的操作有 小於 <， 小於等於 <=， 大於>， 大於等於>=等。 例如： resno < 23 temperature >= 900 atomno == 487 Within 表示式 RasMol 的 within 表示式， 是用以選取特定原子附近的其他原子。 within 表示式 有兩個參數， 置於小括號之內， 其間以逗號(,) 分隔； 第一個參數是一個距離值， 稱為 within 表示式的 "cut off" 距離， 第二個參數則是一個原子表示式。 cut off 距離可以是以 RasMol長度單位為單位的整數值， 或是以 埃(Angstroms) 為單位含小數點的數值。 在 Within 表示式 任何原子與 第二參數所定義的原子之間的 距離， 小於第一參數(即 cut off 距離)， 則此原子便會被選取。 應用 within 表示式 的定義， 反覆疊帶， 可以建構出相當複雜的表示式。 例如， select within(3.2,backbone) 指令 會選取所有與主幹原子距離小於 3.2 埃 的原子。 Within 表示式在選取活性區周圍原子時， 特別有用。