血紅蛋白分子 共有四條縮多胺酸鏈 (Alpha 1, Beta 1 , Alpha 2, Beta 2), 而鏈與鏈之間並沒有任何共價鍵結; 另外還有四個 血紅素-鐵 的錯化合物.

每一條鏈含有一個 血紅素 基, 而其中各有一個鐵, Fe++

由於血紅蛋白的顏色, 就是來自 血紅素-鐵 的錯化合物, 所以用紅色來表示

血紅素分子, 依照各原子顏色來表示: (在此模型中, 由於是 x-光結晶所解出的結構, 沒有 氫原子的座標)

這裡所顯示的是一個血紅素分子的 空間填滿模型

鐵 如何與 血紅素分子 的 其他部份相連

在肺中, 有充足的 氧, 氧分子 會鍵結到 亞鐵離子 上; 而在需要 氧 的組織中, 氧分子 會被釋放出來

含 氧 血紅素 在血紅蛋白中一條縮多胺酸鏈 的位置模型

含 氧 血紅素 在血紅蛋白中一條縮多胺酸鏈 的空間佔有模型

這個模型中, 組氨酸的 氮 束縛到 血紅素中的 鐵 上, 有助於固定 血紅素 在蛋白質中的位置; 血紅素中的親水基, 丙酸鹽基, 是露於蛋白質的表面; 而血紅素中親油性的部份, 則是隱藏在蛋白質的 親油性氨基酸中

血紅蛋白之一個 縮多胺酸鏈 的 空間填滿模型 (除了血紅素分子)