綜合櫻花鉤吻鮭族群調查多年研究結果，可以發現到影響族群數量最顯著的是重大天災的發生，尤其是颱風，歷年來的重大天災造成鮭魚族群數量上的週期變化，規模較大的天災除了當年度傳出的災情與族群死亡外，並且會因受傷造成的陸續死亡與幼鮭與亞成鮭的數量減少而直接影響下一次族群統計的結果。

天災對櫻花鉤吻鮭的影響可以分成對棲地與對族群本身兩方面討論：在棲地環境方面，天災會造成深潭的淤積、河床棲地的改變、兩岸崩塌地面積增加、溪流濁度提高、避難場所的消失、水棲昆蟲等食物的減少，破壞或改變原本適於鮭魚生存的環境；族群方面則造成個體死亡、受傷或被沖移至高水溫環境的下游河段。

對演化已經十分成功的櫻花鉤吻鮭來說，應該早已完全適應台灣週期性天災與颱風的發生，得以安然度過暴雨洪水的威脅，但七家灣溪流域由於有攔砂壩的存在，使得天災對於族群產生雪上加霜的雙重效應，戴（1992）的研究指出，攔砂壩興建之後，颱風對櫻花鉤吻鮭族群有以下四點影響：

（1）因為幼魚較易受到環境變動的影響而死亡率增高。
（2）攔砂壩阻隔了被洪水沖刷至下游的鮭魚回到上游。
（3）鮭魚在七家灣溪的分布及依時間的變異乃經由棲息地惡化而改變。
（4）具有適合棲地的河段減少，增加小族群局部滅絕的機率。

由上所述以及實際調查結果可知，天災對不同齡級與地點鮭魚族群影響最大的是分布在上游的小族群以及適應力差的幼鮭族群。為了減低每年天災對鮭魚族群的影響，尤其是上述兩個最易受到影響的族群，持續進行人工復育工作能直接有效的增加上游河段的族群數量，放流仔鮭於最上游河段之後，再藉由每年的豐水季節將新生族群逐漸擴散至下游無法自然更新族群的下游河段。加上流域內拆壩工作的持續進行，未來將再還給鮭魚一個自自然然的小河環境進行不受干擾的更新繁衍。