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蛋白質:DNA 錯化合物

RasMol 實例練習

(根據 Protein/DNA with RasMol 所編譯)
    啟動 RasMol, 再從功能列上打開 File 的下拉選單, 選按 Open... 選項, 來讀入 1d66.pdb 的分子檔案 (若無此檔案, 可按著 Shift 鍵, 點選 這裡 來下載檔案; 練習中綠色的指令, 由指令視窗內輸入; 紅色的選項, 則由圖形視窗上的選單中選取。)

  1. 這個錯化合物分子, 有幾條鏈？
  2. 除了 蛋白質:DNA 分子鏈外, 是否還有其他東西？ 在晶體結構中, 通常都含有水分子; 此外, 這個模型中還含有金屬離子。
    (在這個練習中, 用到兩個重要的指令 select 及 restrict)
  3. 疏水性的胺基酸, 分佈在哪裡？ 特別注意 alpha 螺旋 的親水與疏水兩性, 是如何分佈。
  4. Cd 離子是如何被固定的？ Cd 離子附近有哪些原子？
  5. 如何儲存所建構之模型？ 指令集 (script) 的儲存
  6. 如何再顯示建好的模型？ 指令集 (script) 的 讀入
  7. 蛋白質的 二級結構 是什麼？ RasMol 以不同的顏色, 來標示不同的二級結構: alpha 螺旋 是紫色, beta 結構 是黃色, 藍色則用以標示 轉折 (turns)。 如果在 原始座標檔中, 並沒有標明 二級結構, RasMol 可經 計算, 自行決定 模型的二級結構。
  8. 如何得到原子間的距離？
  9. 蛋白質與 DNA 之間的主要鍵結是什麼？
  10. 分子內部的結構如何？

  11. 如何重新定義 旋轉中心？
  12. 如何 同時 顯示不同的模型表示 如果你從圖形視窗上的 Display 選單中， 選取任一種表示法， 例如 主幹(Backbone)， 則其他表示法便會取消； 如接著再選取球棍 (Ball & Stick) 表示法， 主幹表示法便會取消。 這是因為選單有這樣的設定， 如果從指令視窗來指定模型表示法， 便可同時顯示不同的模型表示法。
  13. 如何標記原子？
  14. 如何立體檢視分子？

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    國家高速電腦中心 / 左家靜 上次更新時間: 02/09/2000